Jagellonská univerzita byla založena v roce 1364 a je považována za druhou nejstarší univerzitou ve střední Evropě (po Univerzitě Karlově v Praze). Univerzita byla po většinu své historie známa pod jménem Krakovská Akademie, ale v 19. století byla přejmenována na Jagellonskou univerzitu podle dynastie polských králů.
Univerzita byla založena na podnět krále Kazimíra III. Velikého 12. května 1364 pod oficiálním názvem Studium Generale. Po pražské univerzitě se tak stala druhou vysokou školou ve střední Evropě. Krátce poté vznikly další středoevropské univerzity. Krakovská univerzita byla vytvořena podle nejstarší evropské univerzity v Bolognii. Výuka se uskutečnila až v roce 1367 na fakultě svobodných umění, na lékařské a právní fakultě. Budova univerzity sídlila v té době pravděpodobně na Wawelu, v blízkosti samotného krále. Jeho nepředvídatelná smrt v roce 1370 a nezájem nástupce Ludvíka I. Uherského způsobily, že univerzitní aktivity byly postupně potlačeny. K obnovení činnosti došlo teprve za vlády Hedviky z Anjou a Vladislava II. Jagely kolem roku 1390. V prvních letech pomohla univerzitě především královna Hedvika, která jí ve své závěti zanechala veškerý svůj osobní majetek. Navíc dne 22. července 1400 věnoval král Vladislav univerzitním profesorům budovu Coleggium Maius, která se stala hlavním sídlem krakovského vysokého učení. 15. a 16. století bývá v historii univerzity označováno jako „Zlatý věk“. V té době došlo k jejímu největšímu rozvoji a stala se známou po celé Evropě. V roce 1402 jako první v Evropě vybudovala samostatnou katedru astronomie a matematiky. V první polovině 16. století se Krakovská Akademie postavila proti reformaci. To mělo za následek, že škola začala ztrácet většinu zahraničních studentů, kteří odešli jinam. Zůstali zde pouze Poláci a Litevci. V 17. století se rozhodující vliv na univerzitě pokoušeli získat jezuité, kteří byli podporováni králem Zikmundem III. Jezuitská scholastika byla uplatňována na úkor moderních vyučovacích metod a škola tak zcela ztratila bývalou mezinárodní prestiž. V 18. stoletím pomalu končilo kritické období. Zavedla se zde systematická výuka němčiny a francouzštiny, polského práva, geografie a vojenského inženýrství. Dále byla založena univerzitní hvězdárna, botanická zahrada, vznikaly rovněž první laboratoře a fakultní nemocnice. Polština se stala hlavním vyučovacím jazykem.Velkého významu nabyla univerzita v době tzv. Krakovské republiky v letech1815 - 1846. V tomto období měla velký vliv na státní politiku. V roce 1817 byl oficiální název univerzity změněn na Jagellonská univerzita. Od roku 1897 mohly na univerzitě studovat také ženy, nejdříve jenom farmacii. V roce 1918 jim byla povolena jako poslední i fakulta právní. V letech 1931 - 1939 byla vybudována nová budova Jagellonské knihovny, ale i přesto růst školy zbrzdila hospodářská krize. Rozvoj antisemitismu vyvrcholil ke konci 30. let, kdy bylo v akademickém roce 1937/1938 zavedeno omezení pro studenty židovského původu.
