Bazilika kostela Panny Marie bývá často nazýván "Koruna města Gdaňsk". Jeho zajímavostí je jeho rozlehlost. Má mohutné zdi a věže vysoké až nad obzor. Původní kostel, nejspíše dřevený, byl postaven v roce 1243 knížetem Świętopełk II. Základní kámen tohoto kostela byl položen na svátek Zvěstování Panny Marie 25. března 1343. Nad vchodem do sakristie je zobrazen částečně zachovalý nápis, který mluví o této události. Výstavba původního kostela byla rozdělena do třech období a byla dokončena v letech 1360-1361. V dnešní době délka kostela je 105,5 m, šířka příčné lodi 66 m na 27 volně stojících pilířů podporujících nádherné hvězdné klenby a křišťálů, které se tyčí do výšky 30 m. V interiéru osvětlení tvoří 37 obřích oken. Největší zdobené barevné sklo má rozlohu 127 m2. Do interiéru kostela vede sedm bran, každá z jiné ulice. Kostel je zdoben sedmi věži, mezi kterými je vyhlídková plošina.
Do obrovského kostela se vejde asi 20 tisíc lidí. V kaplích kostela jsou umístěny cenná díla náboženského umění.
Během 14. století se vyvíjela farnost a byla zde vybudována farní knihovna. Kolem roku 1445 měla knihovna téměř 100 rukopisů. V tomto kostele se modlili, jak katolíci, tak protestanti. Každý z nich měl svůj oltář. Po smrti Zikmunda II Augustuse, byl kostel kompletně převzat protestanty. Vybavení interiéru se stále rozvíjelo. Přibyly zde např. velké varhany. Tento nástroj měl 55 hlasů a 3 klávesnice.
V letech 1678-1681 byla ve faře postavena Královská kaple. Autorem projektu byl holandský architekt Tylman Gameren. V té době kostel Panny Marie hrál významnou roli v kulturním životě města. Pracovali zde známí varhaníci a skladatelé. Tento kostel pravidelně navštěvovali lidé z celého světa, včetně panovníků, např. Petr Veliký a císař Napoleon Bonaparte. Po rozdělení Polska, kdy se Gdaňsk připojil k Prusku, začal částečný prodej děl sakrálního umění. Byl prodán např. gotický oltář sv. Antonína, který je nyní v církvi Řádu německých rytířů ve Vídni.
Před 2. světovou válkou proběhla velká rekonstrukce kostela, především se jednalo o obnovu zdí. 2. světová válka se na tomto kostele bohužel podepsala, což znamenalo zničení střech, kleneb, oken a dveří. Následně v roce 1947 začala obnova kostela, aby mohl opět zahájit svoji činnost. Rekonstrukce byla dokončena 17. listopadu 1955, kdy se kostel Panny Marie opět stal hlavním rysem města. V roce 1965 byl kostel Panny Marie byl povýšen do hodnosti baziliky papežem Pavlem VI.
